Председатель Комиссии руководит ее деятельностью, председательствует на заседаниях Комиссии, планирует ее работу, осуществляет общий контроль над реализацией ее решений и несет в соответствии с действующим законодательством персональную ответственность за деятельность, осуществляемую Комиссией, а также межотраслевую, межведомственную координацию и за решения, вырабатываемые Комиссией. Во время отсутствия председателя его функции выполняет заместитель.