Основными задачами Комитета являются реализация государственной политики в области контроля за оказанием медицинских услуг, соблюдение стандартов в области здравоохранения, обеспечение гарантий доступности и качества медицинского обслуживания гражданам Республики Казахстан, иностранным гражданам и лицам без гражданства на всей территории Республики Казахстан, обеспечение государственного контроля в сфере оказания медицинских услуг субъектами здравоохранения независимо от форм собственности и ведомственной принадлежности.