Отсутствует комплексная оценка эффективности деятельности государственных органов, охватывающая все сферы и направления их деятельности. В целом, это отражается на возможности органов государственного финансового контроля своевременно и качественно представлять рекомендации по совершенствованию организации деятельности администраторов бюджетных программ, выявлять и предупреждать нарушения, оперативно внедрять новые направления контрольной деятельности государства в сфере управления финансами.