По итогам проведенных анализов в соответствующие государственные органы направляются рекомендации по проведению мероприятий, направленных на защиту и развитие конкуренции на товарных рынках Республики Казахстан. Например, на рынке авиаперевозок до июля 2012 года количество рейсов и авиакомпаний с конкретными маршрутами определялось законодательно, путем проведения конкурса. В целях развития конкуренции направлены предложения об отмене конкурсов на внутренние авиамаршруты и соблюдения принципов «один маршрут - несколько перевозчиков» при распределении авиамаршрутов среди отечественных компаний на внутренних авиалиниях. В результате внесены соответствующие изменения в законодательство и отменены конкурсы. Теперь на маршрутах уже действуют по два-три перевозчика (на маршруте Алматы-Астана присутствуют АО «Авиакомпания «SCAT», АО «Эйр Астана» и АО «BEK AIR», при этом наименьшая стоимость билета в один конец от 15000 тенге).
Для индустриально-инновационного развития экономики необходимо создание инвестиционно привлекательного климата. Однако, на сегодня практически вся инфраструктурная деятельность в Казахстане отнесена к сферам естественной монополии (в области ж/д транспорта, электро- и теплоэнергетики, газа, производства нефтепродуктов, транспортировки нефти, гражданской авиации, портовой деятельности, телекоммуникаций и почтовой связи), что снижает ее инвестиционную привлекательность. В этой связи, с 2011 года Агентством началась работа по сокращению услуг в сфере естественной монополии. По итогам проведенного анализа из Перечня регулируемых услуг (товаров, работ) субъектов естественных монополий, утвержденного постановлением Правительства Республики Казахстан от 14 марта 2006 года № 155, выведены услуги Интерконнекта первым этапом. Согласно информации Министерства транспорта и коммуникаций Республики Казахстан услуги Интерконнекта будут выведены вторым этапом в ближайшее время.
Результаты проведенных анализов показывают, что многие товарные рынки в сферах ж/д транспорта, телекоммуникаций, топливно-энергетического комплекса, которые являются экономикообразующими, являются частично или полностью монополизированными. Это свидетельствует о недостаточности принимаемых центральными государственными и местными исполнительными органами мер по развитию конкуренции.